Selain Raja Ampat, tempat ini juga sudah sangat mendunia di kalangan pecinta alam bawah laut, khususnya pecinta kegiatan diving. Tempat ini adalah taman nasional laut yang terluas di Indonesia yang 89,8% wilayahnya merupakan wilayah perairan lautan. Tercatat ada sekitar 209 jenis ikan yang menghuni kawasan ini. Diantaranya adalah butterflyfish, angelfish, damselfish, parrotfish, rabbitfish, dan anemonefish. Selain itu, terdapat empat jenis penyu yang sering mendarat di taman nasional ini yaitu penyu sisik, penyu hijau, penyu lekang dan penyu belimbing. Bahkan duyung (dugong), paus biru, ketam kelapa, lumba-lumba dan hiu pun sering sekali terlihat di perairan Taman Nasional Teluk Cenderawasih.
Selain wisata bahari, di tempat ini juga terdapat goa alam yang merupakan peninggalan zaman purba, sumber air panas yang mengandung belerang tanpa kadar garam di Pulau Misowaar, goa dalam air di Tanjung Mangguar. Sejumlah peninggalan dari abad 18 masih bisa dijumpai pada beberapa tempat seperti di Wendesi, Wasior dan Yomber. Umat Kristiani banyak yang berkunjung ke gereja di desa Yende (Pulau Roon), hanya untuk melihat kitab suci terbitan tahun 1898.