Sungai Mahakam merupakan sungai terpanjang di Kalimantan Timur, Indonesia., dengan panjang sekitar 77,100km2. Yang terbentang di antara 2˚N sampai 1˚S garis lintang dan 113˚E sampai 118˚E bujur. Sungai tersebut berasal dari Cemaru dari tempat ia mengalir ke arah tenggara, bertemu dengan Sungai Kedang Pahu di kota Muara Pahu. Dari sana, sungai mengalir ke arah timur melalui kawasan danau Mahakam, yang merupakan daerah dataran rendah tropis yang dikelilingi oleh lahan gambut.
Terdapat tiga puluh danau dangkal di kawasan ini, yang terhubung ke Mahakam melalui saluran kecil. Hilirnya yang menghubungkan dengan danau Semayang dan Melintang, Mahakam bertemu dengan tiga anak sungai utama lainnya - sungai Belayan, Kedang Kepala, dan Kedang Rantau - dan mengalir ke arah tenggara melalui distribusi delta Mahakam, ke Selat Makassar.